lunes, 7 de enero de 2013

Single-nucleotide polymorphism (SNP)

Single-nucleotide polymorphism (SNP) o polimorfismo de un nucleotido se pronuncia "snips", es una variación de la secuencia de ADN que ocurre cuando un solo nucleótido - A, T, C o G - en el genoma difiere entre los miembros de una especie biológica o cromosomas emparejados en un ser humano.  

Por ejemplo, si hay dos fragmentos de ADN secuenciado a partir de diferentes individuos, AAGCCTA a AAGCTTA, contienen una diferencia en un solo nucleótido. En este caso se dice que hay dos alelos. Casi todos los SNPs común sólo tienen dos alelos. La distribución genómica de SNPs no es homogénea; SNPs generalmente se presentan en regiones no codificantes con más frecuencia que en las regiones de codificación o, en general, que la selección natural está actuando y fijando el alelo del SNP que constituye la adaptación genética más favorable (además de los factores de selección) naturaleza distintos, como la recombinación genética y la tasa de mutación también puede determinar la densidad de SNP.

Una de estas variaciones debe darse al menos en un 1% de la población para ser considerada como un SNP. Si no se llega al 1% no se considera SNP y sí una mutación puntual.

Estas variaciones genéticas entre individuos (especialmente en regiones no codificantes del genoma) son observados en la ciencia forense como huellas de ADN. Además, estas variaciones genéticas subyacen diferencias en nuestra susceptibilidad y gravedad de las enfermedades, respuesta a tratamientos farmacologicos.

Herramientas de la web para SNPs: 

NCBI: SNPs variaciones en un tema.

SNP database for searching rs# (refSNP): el rs# es el número de identificación de referencia para un SNP (refSNP). Aquí pueden realizar busquedas del rs# dentro de la NCBI.

HapMap El Proyecto Internacional HapMap es una asociación de científicos y agencias de financiamiento de Canadá, China, Japón, Nigeria, el Reino Unido y los Estados Unidos para desarrollar un recurso público que ayudará a los investigadores a encontrar genes asociados con la enfermedad humana y la respuesta a los fármacos.

Enesembl: es un proyecto de investigación bioinformática que trata de "desarrollar un sistema de software que produzca y mantenga anotaciones automáticas en los genomas eucariotas seleccionados". Funciona como una colaboración entre el Wellcome Trust Sanger Institute y el Instituto Europeo de Bioinformática, una división del Laboratorio Europeo de Biología Molecular.

COSM: Catalogó de mutaciones somaticas en cancer, está diseñado para almacenar y mostrar información mutación somática y los detalles relacionados y contiene información relacionada con los cánceres humanos. Debido a que, los cánceres surgen como resultado de la adquisición de una serie de anomalías en la secuencia de ADN como mutaciones,s muchos de los cuales en última instancia, confieren una ventaja de crecimiento a las células en las que se han producido.

TMP_ESP: NHLBI Exome Sequencing Project (ESP), Proyecto exoma  esta financiado por l Instituto Nacional del Corazón, los Pulmones y la Sangre (NHLBI) y el National Human Genome Research Institute (NHGRI) con el objetivo de desarrollar aplicaciones de secuenciación de la regiones codificantes de proteínas del genoma humano, permitiendo la secuenciación de decenas de miles de muestras individuales procedentes de bien fenotipificadas en el NHLBI.

PharmGKB:  es un recurso completo de conocimiento sobre el impacto de una variación genética en la respuesta a los fármaco.

HGMD: The Human Gen Mutation Database, base de datos de las mutacinoes geneticas humanas.
 
CYPalleles: base de datos de nomenclatura alélica de enzimas Citocromos P450.

Restriction of DNA sequences: en SNP detection with mutagenic primers, permite la detección de SNP con partidores, la secuencia de entrada se buscará para encontrar cambios en nucleótidos uno cerca de la ubicación del SNP, de modo que los partidores mutagénicos pueden ser fácilmente diseñados.


Referencias:
  1. Barreiro L, et al., (2008). Natural selection has driven population differentiation in modern humans. Nature Genetics 40: 340–345. PMID 18246066.
  2. Varela M and  Amos W, (2010). Heterogeneous distribution of SNPs in the human genome: Microsatellites as predictors of nucleotide diversity and divergence. Genomics 95: 151–159.  PMID 20026267. 
  3. Gibson & Muse. A Primer of Genome Science, 2nd Edition. Sinauer Associates. 2004.